📌مرحله دوم: هیات بدوی حل اختلاف مالیاتی 
هیات بدوی دومین مرجعی است که وظیفه دارد به اعتراض مودی نسبت به برگ تشخیص مالیات رسیدگی نماید که در صورت عدم مراجعه و یا عدم توافق ممیز کل مالیاتی و همچنین در موارد ابلاغ قانونی، پرونده به هیات حل اختلاف ارجاع داده می‌شود و ممیز مالیاتی پس از دستور مدیر گروه مالیاتی مبنی بر ارجاع پرونده به هیات حل اختلاف مالیاتی، حداکثر ظرف مدت ۵ روز جهت تعیین وقت از طریق دبیرخانه اقدام می‌نماید. پس از دریافت تاریخ هیات، برگ دعوت به هیات در ۳ نسخه تنظیم و یک نسخه از آن به مودی ابلاغ می شود که در برگ دعوت، ساعت، تاریخ و مکان تشکیل جلسه هیات مشخص می‌گردد. فاصله بین تاریخ ابلاغ و روز تشکیل جلسه هیات نباید کمتر از ۱۰ روز باشد؛ مگر به درخواست مودی و موافقت هیات حل اختلاف مالیاتی که البته روز ابلاغ و روز تشکیل جلسه جزء مدت ده روز محسوب نمی‌شود. 

🔹اگر مودی رای صادره هیات حل اختلاف را بپذیرد و از آن تمکین کند، برگ قطعی مالیات برایش صادر می‌شود و فرایند دادرسی مالیاتی به اتمام می‌رسد. 
🔹اگر مودی رای صادره هیات حل اختلاف را نپذیرد، می‌تواند به آن اعتراض کند. لازم به ذکر است اعتراض به رای صادره می‌تواند هم از سوی مودی هم از سوی اداره امور مالیاتی باشد. 
 
📌مرحله سوم: هیات تجدیدنظر حل اختلاف مالیاتی
هرگاه مودی یا مامور تشخیص مالیاتی نسبت به رای هیات بدوی معترض باشند ظرف مهلت ۲۰ روز از تاریخ ابلاغ رای به مودی می توانند اعتراض خود را ثبت نمایند. البته مودی در صورت اعتراض به رای بدوی مکلف است که فرم تبصره یک ماده ۲۴۷ قانون مالیات های مستقیم را تکمیل نماید و طی این فرم اعلام نماید که چه میزان از مالیات را قبول دارد. میزان مالیات مورد قبول در این فرم نمی‌تواند کمتر از میزان مالیات ابرازی در اظهارنامه‌های مودی باشد و اداره امور مالیاتی مکلف است هر میزان مالیاتی که مودی قبول دارد را وصول نماید و تا قبل از اینکه مالیات مورد قبول پرداخت نشده است و یا ترتیب پرداخت آن داده نشده است، هیات تجدیدنظر تشکیل نمی‌گردد. 

♻️هیات تجدیدنظر از نظر شکل اجرا کاملا شبیه هیات بدوی است به این صورت که سه نفر که یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی، یک نفر نیز قاضی دادگستری و یک نفر نماینده مودی می‌باشد، حضور دارند و هیات با حضور هر ۳ نفر رسمیت پیدا می‌نماید. البته هیچ یک از اعضای هیات تجدیدنظر نباید قبلا در هیات بدوی نسبت به پرونده رای صادر نموده باشند. هیات تجدید نظر مکلف است که به اعتراض مودی یا اعتراض مامور تشخیص مالیات رسیدگی نماید. 

💢نکته مهم: در مواردی که شکایت مودیان مالیاتی از آراء هیات‌های بدوی، از طرف هیات تجدیدنظر حل اختلاف مالیاتی رد شود، معادل یک درصد (۱%) تفاوت مالیات موضوع رای مورد شکایت و مالیات ابرازی مودی در اظهارنامه تسلیمی، هزینه رسیدگی تعلق می‌گیرد که مودی مکلف به پرداخت آن خواهد بود.