مطابق ماده ۲۴۸ قانون مالیاتهای مستقیم، رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی، بایستی متضمن اظهارنظر موجه و مدلل نسبت به اعتراض مؤدی بوده و در صورت اتخاذ تصمیم به تعدیل درآمد مشمول مالیات، جهات و دلایل آن توسط هیأت در متن رأی قید شود.با توجه به مفاد رأی شورای عالی به شماره 5237/201 مورخ 1381/06/31، رأی هیأت های حل اختلاف مالیاتی نمی‌تواند مشروط صادر گردد و إلا از موارد نقض رأی می‌باشد.بر اساس ماده ۲۴۹ قانون مالیاتهای مستقیم، هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی مکلفند مأخذ مورد محاسبات مالیات را در متن رای قید و در صورتی که در محاسبه اشتباهی کرده باشند، با درخواست مودی یا اداره امور مالیاتی مربوط به موضوع رسیدگی و رأی را اصلاح کنند.طبق ماده ۲۵۰ قانون مالیاتهای مستقیم، در مواردی که هیات حل اختلاف مالیاتی برگ تشخیص مالیات را رد و یا اینکه تشخیص اداره امور مالیاتی را تعدیل نماید مکلف است نسخه‌ای از رای خود را به انضمام رونوشت برگ تشخیص مالیات جهت رسیدگی نزد دادستان انتظامی مالیاتی ارسال کند تا در صورت احراز تخلف نسبت به تعقیب متخلف اقدام نماید.
